中山大学附属第三医院药学部是集药学服务、药品管理、药物制剂、教学和科研为一体的综合性医技科室，负责全院药品供应、调配、制剂、合理用药以及药物临床试验管理工作。药学部是国家卫生部抗菌药物监测成员单位、精准医疗集成应用联合体示范单位。2018年5月29日，我院药学部牵头成立有40家医院的药学合作体。先后获批“中华医学会临床药学会临床药师学员培训中心”，获批“中国医院协会临床药师培训基地”，已招收抗感染药物专业、抗肿瘤药物专业、通科专业多名学员。药学部现有职工191人，其中高级职称11人、中级职称86人，博士2人，硕士研究生18人，本科153人。
发展中的药学部不断追随时代步伐，持续推进现代化、信息化建设：两院区先后启用高标准的静脉用药配置中心；近年来先后引进全自动发药系统、中药颗粒调配机、全自动锭剂分包机、输液药品智能分拣机、自动贴签机、现代化供应链管理系统、阳光用药管理系统等智能调剂设备和先进的合理用药系统，极大程度地提高药品的调剂效率、降低药品调剂差错发生、保证了患者用药安全。
       2018年3月8日药学门诊正式开诊（天河院区开设综合药学门诊、萝岗院区开设妊娠哺乳期药学门诊），2020年3月27号开展了线上云医院的药师问诊，皆由通过国家规范化培训的持证临床药师出诊，通过详细了解患者病情和用药情况，对患者进行用药效果评估、生活方式指导、药物重整、“一对一”的精准用药教育，教会患者管理好药物，增加患者依从性，提高临床治疗效果，减少药品不良反应，为患者安全有效药物治疗保驾护航。
       2020年3月初我院互联网医院启用，通过提供线上一体化的“名医坐诊-线上咨询-续方开药-线上缴费-配药到家”的“一条龙”服务，大大减轻了患者来院就诊过程中的反复排队和等候的负担，同时也保障了慢性病患者安全、有效的用药需求，避免疫情患者期间来医院的交叉感染。为充分保障患者的用药安全，线上审方系统审方后，药学部对线上处方实行全人工审方制度，每张处方在审方软件初审拦截后，再由审方药师人工审核，以保障患者用药的合理性和安全性。
       药学部还设有药物基因检测室通过药物基因检测可以分析患者的药物代谢基因组或基因变异对药物的吸收、分布、代谢以及作用靶点的差异，让临床可以在充分考虑每个患者的基因类型，生理病理等综合情况的基础上，制定安全、合理、有效、经济的个体化药物治疗方案。以中药制剂为主的制剂室有标准化制剂生产和质量管理规范，拥有全自动胶囊机、压片机、薄膜包衣机、喷雾颗粒干燥机、中药提取分离等制药设备。生产复肝酶胶囊、丹参五味子片、喉咽茶合剂、岗梅感冒灵颗粒等多种剂型医院制剂。
       科室不定期开展“科室业务学习”、“审方药师培训”、“临床案例分析讨论”、“外出进修学习”、举办“英语比赛”等多种形式的线上线下培训。充分调动了药师学习的积极性，不断提高药师岗位的胜任力。药学部主持省市级项目十余项，发表SCI论文数十篇、国家级刊物论文数百篇，获得发明专利一项。获得2013年中国医院药学技术奖——创新奖、多次获得广东省药学会医院药学科学技术奖等奖项。
       药学部本着“药师与你守护健康”的服务理念，不断优化服务流程、提高调剂效率、提升患者满意度、开展全方位药事质控管理工作，提升药学服务能力、保障患者用药安全。